Jan Kostěnec patří mezi zakládající členy a je ředitelem Českého centra pro středomořskou archeologii. V současnosti pracuje jako památkář na pražském magistrátu.
Je absolventem magisterského studia dějin umění (1998) a doktorského studia klasické archeologie (2007) na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. V roce 2009 strávil v rámci stipendia americké Andrew W.Mellon Foundation dva měsíce na American Research Institute in Turkey, Istanbul.
Již během magisterského studia se zabýval pozdní antikou a byzantským obdobím, zejména architekturou pozdně antické a raně byzantské Konstantinopole (diplomová práce „Great Palace of the Byzantine Emperors“). Tématem jeho doktorské disertace byly „Pozdně antické paláce římského a post-římského světa (3.-8. stol.)“.
Jan Kostěnec se aktivně zúčastnil mezinárodních konferencí v zahraničí. Je spoluautorem a spolueditorem 2 knih. Dále publikuje v mezinárodních odborných časopisech a podílel se také na heslech pro Encyklopedii helénského světa (Encyclopedia of Hellenic World, projekt řecké privátní kulturní instituce Foundation of Hellenic World). V současné době Jan Kostěnec řídí, společně s Dr. Kenem Darkem (University of Reading), archeologický a stavebně historický průzkum v bývalém byzantském chrámu Hagia Sofia v Istanbulu a byl také přizván ke spolupráci na projektu počítačových rekonstrukcí staveb byzantského období v Istanbulu vytvářených A. Tayfunem Önerem (http://byzantium1200.com). Společně s Dr. Alexandrem Zäh (Maintal) a Tomášem Alušíkem pracoval na publikování archivního materiálu archeologické expedice Společnosti pro podporu německé vědy, kultury a umění v Čechách do centrální Anatolie v roce 1902.
V současné době je Jan Kostěnec spoluřešitelem projektů „Velký Chrám byzantské Konstantinopole: stavební historie chrámů Hagia Sofia a Hagia Eirene“ a „Byzantium1200 – 3D rekonstrukce byzantské Konstantinopole okolo roku 1200“.
