Tomáš Alušík patří mezi zakládající členy Českého centra pro středomořskou archeologii. V současnosti pracuje jako odborný asistent Ústavu dějin lékařství a cizích jazyků 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze a také na několika projektech v ČR i zahraniční.
Je absolventem magisterského (2001) a doktorského studia (2005) klasické archeologie na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Během doktorského studia strávil jeden semestr (2004) v rámci stipendia česko-rakouského programu AKTION na Ústavu pro klasickou archeologii Univerzity Vídeň a čtyři týdny (2005) na Cyprus American Archaeological Research Institute v Nicósii v rámci stipendia kyperské A.G.Leventis Foundation. Od roku 2010 je externím studentem doktorského studia oboru „Dějiny lékařství“ (se specializací Osteoarcheologie/paleopatologie) na 1. lékařské fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Tématem jeho dizertace je „Medicína a nemocnost v předhippokratovském období Řecka“.
Tomáš Alušík je členem několika domácích i zahraničních odborných společností, mezi nimi Evropské archeologické asociace (www.e-a-a.org), britského Chartered Institute for Archaeologists (www.archaeologists.net; Member – MCIfA) a Aegeus – Society for Aegean Prehistory (Athény; www.aegeussociety.org/en/).
Již během magisterského studia se zabýval prehistorií egejské oblasti a Kypru, zejména prehistorickou archeologií Kréty a egejských ostrovů (téma diplomové práce „Ikonografické prameny k egejské architektuře ve srovnání s dochovanými zbytky staveb)“. Tématem jeho doktorské dizertace byly „Fortifikace na mínojské Krétě a jejich egejské obdoby“; upravená verze vyšla v květnu 2007 v anglickém jazyce – Defensive architecture of prehistoric Crete – v oxfordském nakladatelství Archaeopress (viz sekce Publikace). V posledních letech se kromě egejské prehistorie zabývá také 3D rekonstrukcemi archeologických lokalit, problematikou managementu archeologického kulturního dědictví a zejména dějinami a archeologií medicíny ve starověku, osteoarcheologií a paleopatologií.
Tomáš Alušík se aktivně zúčastnil více jak 20 mezinárodních konferencí (většina z nich v zahraničí). Publikoval 1 monografii a přes 20 odborných článků v mezinárodních (většinou zahraničních) časopisech nebo konferenčních sbornících, několik dalších studií bylo přijato k tisku. Vzhledem ke svým interdisciplinárním odborným zájmů se jeho práce objevují v publikacích nejen z oboru archeologie, ale také architektura, fotogrammetrie a lékařství.
V současné době je Tomáš Alušík v rámci Českého centra pro středomořskou archeologii hlavním řešitelem projektů „Defensivní architektura prehistorické Kréty v širším kontextu“; „3D rekonstrukce vybraných egejských prehistorických lokalit“ a „Medicína a nemocnost v předhippokratovském Řecku“ a podílí se i na projektu „Velký Chrám byzantské Konstantinopole: stavební historie chrámů Hagia Sofia a Hagia Eirene“.
Společně s Dr. Andonisem Vasilakisem (Čestný efor starožitností Řecka) je také ředitelem projektu „The Porti-Miamou Project“ na Krétě, jehož terénní sezóny se uskutečnily v srpnu a září 2015 a 2016.
Další projekty, kterých se Tomáš Alušík účastnil nebo účastní:
- Defensivní architektura prehistorické Kréty
- Minoan Roads Research Project
- Archäologische Geländeprospektion Südostkreta
- „Společnost pro podporu německé vědy, kultury a umění v Čechách“ a její archeologická expedice do centrální Anatolie v roce 1902
- Porti-Miamou projekt
